El Museo de Bogotá cuenta con una colección de más de 24.000 objetos, en una amplia variedad de soportes. Entre estos se destacan el acervo más importante de fotografía histórica de la ciudad, un legado representativo de planos de Bogotá, así como objetos significativos entre los que cabe mencionar las urnas, el tranvía y la estatua de Gonzalo Jiménez de Quesada, derribada por la comunidad Misak en el marco de las movilizaciones sociales de 2021.

Para atender las necesidades de información de la ciudadanía sobre las colecciones, el Museo de Bogotá tiene a su disposición el servicio de consulta presencial de la base de datos en la Sede Casa de los Siete Balcones (Calle 10 # 3-61) el día jueves entre las 9:00 am y las 4:00 pm. Para programar una cita los usuarios pueden escribir a archivodigitalmdb@idpc.gov.co, esto con el propósito de apartar el tiempo de acompañamiento por parte del equipo de Gestión de Colecciones.